17 липня 2016 року з космодрому Байконур успішно стартувала ракета-носій «Союз-У» з транспортним вантажним кораблем «Прогрес МС-03»: пуск здійснено зі стартового комплексу майданчика № 31.
Приблизно через 9 хвилин після старту корабель відокремився від третього ступеня ракети і приступив до виконання програми польоту за дводобовою схемою зближення з Міжнародною космічною станцією (МКС). Стиковка вантажівки з орбітальним комплексом повинна бути проведена в автоматичному режимі 19 липня на 34-му витку польоту корабля. Члени екіпажу МКС контролюватимуть процес причалювання з борту станції.
«Прогрес MS-03» доставить на МКС вантажі для службового модуля «Зірка», включаючи засоби життєзабезпечення та індивідуального захисту космонавтів, акумуляторну батарею для системи електроживлення, санітарно-гігієнічне та медичне обладнання, витратні матеріали для газоаналітичної апаратури та системи забезпечення теплового режиму, засоби для проведення техобскладу
Для членів екіпажу станції передбачені контейнери з раціонами харчування, набір свіжих продуктів і посилки з особистими речами. У вантажному відсіку корабля укладено комплектуючі та елементи живлення для відео- та фотоапаратури, обладнання для наукових досліджень та експериментів.
Загалом вантажівка доставить на МКС приблизно 2,4 тонни різних вантажів, у тому числі 1230 кг «сухих» вантажів, 705 кг палива в баках системи дозаправки, 420 кг води і 51 кг стисненого повітря. Загальна маса корабля з вантажами на момент старту склала 7281 кг.
Додамо, що корабель нової модифікації «Прогрес МС» створений в результаті глибокої модернізації «Прогрес М». Бортова командна радіотехнічна система «Квант-В» замінена на єдину командно-телеметричну систему з додатковим телеметричним каналом. Нова командна радіолінія забезпечить прийом сигналів через супутники-ретранслятори «Луч-5», завдяки чому значно збільшаться зони радіовидимості корабля. Апарат комплектуються сучасною бортовою радіотехнічною системою зближення і стикування «Курс-НА». Замість аналогової телевізійної системи «Кльоз» використовується цифрова телевізійна система, яка дозволяє підтримувати зв'язок між кораблем і станцією за допомогою міжбортової радіолінії. До складу бортової апаратури замість знімається з виробництва обладнання увійшли новий цифровий блок управління резервним контуром розробки РКК «Енергія», модернізований блок датчиків кутових швидкостей BDUS-3A і світлодіодна фара СФОК.
