6 травня 1626 року голландський колоніст Петер Мінейт придбав у індіанців Манхеттен за жменю біжутерії вартістю 25 доларів. Відтоді цінники на житло там помітно зросли.
Манхеттен опинився в центрі подій Війни за незалежність США. У результаті військової помилки генерала Вашингтона в липні 1776 року командувач британською армією віконт Вільям Хоу зосередив війська на сусідньому Статен-Айленді. Вашингтон, не знаючи, куди Хоу збирається направити свій удар, розділив свою і без того маленьку армію чисельністю 20 тисяч осіб на дві частини між Нью-Йорком і Лонг-Айлендом. У результаті Хоу, висадивши 27 серпня 1776 року 22 тисяч осіб на Лонг-Айленді, захопив острів.
Вашингтону вдалося вночі евакуювати залишки розбитої армії в Нью-Йорк. 15 вересня Хоу висадився в Нью-Йорку і так само швидко захопив його. Повстанці відступили на північ до Гарлемських висот, де нині розташований район Морнінгсайд-Хайтс, і наступного дня силами 2 тисяч осіб розбили п'ятитисячну британську армію генерала Леслі. До середини листопада 1776 року серія боїв на Манхеттені закінчилася захопленням англійцями форту Вашингтон, який перебував на місці нинішнього району Вашингтон-Хайтс. Повний контроль над усім островом знову перейшов до Англії. Повсталі колоністи після цього так і не змогли захопити Манхеттен аж до самої евакуації англійських військ у 1783 році. Протягом всієї Війни за незалежність Нью-Йорк залишався одним з основних оплотів англійців.
Наприкінці XIX століття в кілька етапів до Нью-Йорка були приєднані частини території округу Вестчестер на материку, які склали боро Бронкс. У 1895 році острів Манхеттен для поліпшення судноплавних можливостей річки Гарлем в його самій північній частині був перерізаний каналом, в результаті чого від острова був відокремлений водою невеликий район Марбл-Хілл. У 1898 році було утворено місто Нью-Йорк у складі п'яти боро, в тому числі Манхеттен і Бронкс, що складали разом один округ Нью-Йорк (у складі штату Нью-Йорк).
З 1914 року Бронкс став самостійним округом, і округ Нью-Йорк зараз займає ту ж територію, що і при його створенні в XIX столітті (тобто тільки Манхеттен).
З другої половини 1960-х і протягом 1970-х середній клас Манхеттена почав перебиратися в передмістя. Але в 1980-ті ця тенденція змінилася інтересом населення до задоволення міського життя і необмежених можливостей, які представляє сучасний Манхеттен.
